Ngày 24 tháng 5 âm lịch năm 1504, Lê Hiến Tông qua đời ở điện Đồ Trị, thọ 44 tuổi. Nhà vua có để lại di chiếu cho Lễ bộ Thượng thư Đàm Văn Lễ và Ngự sử đài Đô ngự sử Nguyễn Quang Bật phụ tá Thái tử Thuần kế ngôi. Theo Đại Việt Sử ký Toàn thư, lúc Hiến Tông mất, các thân vương đua nhau đòi kế ngôi. Mẹ nuôi của Lê Tuấn thậm chí đã đút lót vàng bạc cho Đàm Văn Lễ và Nguyễn Quang Bật để họ cho con mình lên ngôi. Tuy nhiên, Đàm Văn Lễ vẫn cương quyết làm theo di chiếu, bèn đi vào tẩm điện lấy ấn báu truyền quốc mang về nhà, rồi cùng các đại thần lập Thái tử Lê Thuần lên kế vị.[1]

Ngày 6 tháng 6 âm lịch (17 tháng 7 dương lịch) năm 1504, các đại thần gồm Trung quân Đô đốc phủ tả Đô đốc Bình Sơn hầu Lê Quảng Độ, Nam quân Đô đốc phủ tả Đô đốc Phò mã Đô úy Lâm Hoài bá Lê Đạt Chiêu và các quan phò mã, các vị quan Ngũ phủ, Lục bộ, Đông các, Hàn lâm viện, Lục tự, Lục khoa đến điện Hoàng Cực rước Lê Thuần lên ngôi Hoàng đế. Nhà vua xưng là Tự Hoàng (嗣皇), lấy niên hiệu là Thái Trinh (泰貞), sử gọi là Lê Túc Tông (黎肅宗).[1] Túc Tông lấy ngày sinh làm Thiên minh Thánh tiết (天明聖節) và làm lễ tế cáo trời đất, tông miếu. Ông cũng tôn bà nội là Trường Lạc Thánh Từ Hoàng thái hậu làm Thái hoàng thái hậu.[1]

Sách Đại Việt Sử ký Toàn thư mô tả Lê Túc Tông là một hoàng đế tốt, tuy lên ngôi chưa lâu nhưng đã chăm lo chính sự chu đáo, ra nhiều quyết định có ích giúp cơ nghiệp hoàng triều được bền vững và nhân dân được yên ấm:[1]

"Khi vua mới lên ngôi, tha tù nhân, thả cung nữ, ngừng những việc không cần kíp, giảm những việc nặng nhọc, bớt đồ dâng cống, giảm nhẹ lực dịch, dùng bề tôi cũ có công, nắm giữ mọi uy quyền; hạn chế, răn đe thế lực họ ngoại, dốc lòng thương yêu các vị thân vương, mọi việc sửa sang nghiệp lớn, dựng đặt gốc lớn, không điều gì không đến nơi đến chốn. Thần dân trong nước đều chăm chú dõi nhìn chính sự buổi đầu, cho rằng ngày nay lại được trông thấy đời thịnh trị của Thành, Khang, Văn, Cảnh."

Thời vua Túc Tông có sự kiện Đoàn Thế Nùng nổi dậy ở Cao Bằng. Tháng 6 âm lịch năm 1504, nhà vua sai quân đi trấn áp. Đoàn Thế Nùng bị bắt giết cùng với hơn 500 thuộc hạ.[1]

Tháng 11 âm lịch năm 1504, vua Túc Tông sai sứ sang Trung Quốc cống nạp, báo tang và xin phong vương. Lại bộ Thị lang Đặng Tán, Kiểm thảo Khuất Quỳnh Cửu và Hộ khoa đô Cấp sự trung Lưu Quang Phụ mang cống phẩm; Binh bộ Hữu Thị lang Nguyễn Lân và Giám sát Ngự sử Nguyễn Kính Nghiêm báo tang cho Hiến Tông; Lễ bộ hữu Thị lang Nguyễn Bảo Khuê, Đông các Hiệu thư Trần Viết Lương và Hiệu thư Vũ Châu dâng biểu xin phong vương cho Túc Tông.[1]